Hola. En principio parece que si tienes licencia en tu Comunidad Autónoma, esta mandará directamente los datos. Otra cosa es que sea un alquiler de temporada o algo así que no requiera licencia turística. SAludos.
Las normativas autonómicas son distintas. En Andalucía el alquiler vacacional de habitaciones requiere de licencia autonómica. En Madrid tengo entendido que está fuera del turístico y va por el código civil, así que, sí... cuando llegue el momento tendrás que seguir el procedimiento que se marque para identificar en el registro que tu habitación se alquila para turismo vacacional.