Hola @Javier1231
Yo creo que si son la misma referencia catastral (que sí porque es la misma vivienda) no puedes tener dos licencias para el mismo objeto. Así que haces una segregación de la vivienda (que si es unifamiliar será fácil pero costoso y si es un edificio con vecinos será complejo), o lo gestionas como un alquiler por habitaciones donde la misma propiedad tiene dos habitaciones/zonas para alquilar. Pero como dice @Amelia71 lo mejor es preguntar y listo. Saludos!